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深色有机蔬菜指生产过程中严格按照有机生产规程，禁止使用任何化学合成的农药、化肥等生长出来的一些叶片或果实的颜色比较深的蔬菜，这些深色有机蔬菜富含钙、铁、维生素B2等。
深色有机蔬菜主要是指深绿色、红色、橘红色、紫红色等蔬菜。常见的深绿色蔬菜有：菠菜、油菜、芹菜叶、空心菜、芥菜、西兰花、茼蒿、韭菜、萝卜缨;常见的红色、桔红色蔬菜有：西红柿、胡萝卜、南瓜、红辣椒等;常见的紫红色蔬菜有：红苋菜、紫甘蓝、蕺菜等。
选择深色有机蔬菜具有4大好处：
1.深色有机蔬菜富含胡萝卜索尤其β-胡萝卜素，是中国居民维生素A的主要来源。深色有机蔬菜还含有其他多种色素物质如叶绿素、叶黄素、番茄红素、花青素等。
2.深色有机蔬菜中富含芳香物质，并且丰富的活性色素赋予蔬菜特殊的色彩、风味和香气，有促进食欲的作用，并呈现一些特殊的生理活性。
3.深色有机蔬菜一般与阳光接触的时间更长，并且主要以叶类为主，其膳食纤维含量较浅色蔬菜要高，常吃有助于肠道健康。
4.深色有机蔬菜没有施用化学肥料，没有农残，安全，卫生，健康。
在中国居民膳食指南中，中国营养学会特别推荐了深色有机蔬菜：在成年人每天吃的蔬菜300克-500克中，最好深色有机蔬菜约占一半。一般来说，蔬菜中，深色好于浅色，叶部营养高于根茎、叶菜高于瓜菜。根据营养素分析，深色的有机蔬菜比如红辣椒、菠菜，维生素含量要比浅色蔬菜高很多。按照全国营养调查的数据，消费量最多的前15位深色的有机蔬菜和前15位浅色蔬菜相比，维生素C含量高出一倍，所以吃深色的有机蔬菜主要是为了保证维生素、膳食纤维，特别是水溶性纤维达到人体所需营养。比如，同样是十字花科甘蓝类蔬菜，西兰花的维生素C含量高出白菜花20%左右，胡萝卜素是白菜花的30多倍，叶酸含量是白菜花的2倍。另外，每百克西兰花所含的水分略少于白菜花，但蛋白质、碳水化合物的含量都略高于白菜花。