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秋季的气候特点，很容易引发池底有机质腐败、恶化，产生有毒物质，导致泛底，对虾浮头、黑腮或红体等；因此，改底也是晚造对虾养殖管理工作的关键。
晚造虾的改底方法大致上与前两造相似，但因气候原因，也有一些细节与其他的不同，需特别留意：
一、晚造养虾慎用沸石粉等以吸附水体中有害物质方式改底的产品，因为这方式未能解决池底污染的根本问题；只会将有害物质沉积到底部，加重池底的负担，极可能进一步加剧底质的恶化。
二、由于秋季气候多变，中秋前后又是台风雨季，因此不宜大量使用微生物底改产品，因为在天气不佳时使用很容易引发底层缺氧，所以尽可能多用强氧分解型底改产品。
日常巡塘要注意观察，发现出现底质恶化不良表象时，及时判断原因并采取针对性措施：
一、底有异味时的改良方法：用超强底改王（3亩/包）+池底解毒丹（2亩/包）混合干撒。
二、解毒、抑制病原菌的方法：用福地安（2亩/包）+降解灵片（2亩/包）混合干撒。
三、增强底部溶氧及解毒抗应激的措施：用底加氧（2亩/包）+降解灵（2亩/包）混合干撒。
四、发现倒藻、水变或底黑、对虾发病时的应对措施：用底加氧（3亩/包）+分解底改（3亩/包）混合干撒。
五、水分层、底浊的处理措施：用黑霸（5亩/包）+单胞藻（3亩/包）+绿藻源（2亩/包）混匀化水泼洒（需晴天上午使用）。