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“养鱼先养水”，活菌制剂对于改善水体环境至关重要。活菌制剂在使用中应当注意掌握以下事项：
一、不要和抗生素、消毒剂类、杀虫类和强氧化性物质等共同使用。间隔时间至少两天以上，因为这些药物能够杀死多种有益微生物。
二、使用时间最好选择在晴天中午，因为温度高，活菌繁殖速度较快。使用前最好用红糖进行激活，这样能够加速有益菌的复苏与繁殖速度，提高使用效果。
三、注意增氧。由于大多有益菌均为耗氧菌（如芽孢杆菌，硝化菌或亚硝化菌等），有益菌种进入水体后，会立即进行繁殖，在短时间内水体溶解氧会急速下降，为避免由于溶解氧的下降而产生危害，在使用时要经常启动增氧机，这样才能够有效提高其成活率和繁殖速度。尤其在增氧机配备少或池水过深时，这一点显得尤为重要。
四、当水产动物患有纤毛虫病或水中有大量轮虫，枝角类等浮游动物时，活菌制剂要谨慎使用，因为这些活菌都是它们的优质饵料，使用后有可能加重病情。