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运载工具主要是车辆，一般根据用途不同，将车辆分为运料车、清污车、运送动物的车辆等。车辆的消毒主要是应用喷洒消毒法。
一：准备消毒药品。根据消毒对象和消毒目的不同，选择消毒药物，仔细称量后装入容器内进行配置。
二：清扫（清洗）运输工具。对运输工具进行清扫和清洗，去除污染物，如粪便、尿液、撒落的饲料等。
三：消毒。运输工具清洗后，根据消毒对象和消毒目的，选择适宜的消毒方法进行消毒，如喷雾消毒等。
四：进出疫区的运输工具要按照动物卫生防疫法要求进行消毒处理。
五：车辆内的污染物及草料、粪便等清除后用发酵处理办法。