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常见的甘薯病虫害有根腐病，黑斑病、茎线虫病和地下虫病，这三种病害会直接导致甘薯减产、薯苗死亡、薯块腐烂等恶劣影响，因此要进行防治。
(1)根腐病
防治措施：对于此病，目前为研究出有根治效果的方法，建议选用抗病品种、壮苗、早栽、轮作倒茬、深耕改土、增施优质澎静农家肥与磷钾肥料、清楚病残体、检疫以及建立无病留种地防治。
(2)黑斑病
防治措施：甘薯种和薯苗分别用50%的多菌灵500倍液或70%甲基托布津500-700倍液浸种或栽植时浸苗基部10分钟。
(3)茎线虫病
防治措施：对红薯苗育苗进行药剂处理，严防日晒。
(4)地下虫病
防治措施：这些地下虫是指蝼蛄、蛴螬、金针虫和地老虎。防治地老虎和蝼蛄可用毒饵诱杀，也可用毒草诱杀等。