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（1）基肥
蒜苗栽培的施肥一是要施足基肥，二是不须蹲苗，要一促到底。基肥可结合整地，667m2施腐熟圈肥4000-5000千克，或人畜粪2500-3000千克，或施农家肥5000千克，加碳酸氢铵15-20千克，过磷酸钙50千克作基肥施入。
（2）追肥
一般追施2-3次，以速效肥为宜，并以氮素化肥为主。第一次追肥，一般在苗出齐后进行，667m2施腐熟人粪尿1000-1500千克，或尿素10-15千克；第二次追肥可在收获前15天左右进行，施用量可与第一次相同。如收获较晚时，可在两次追肥之间加追一次肥，追肥数量一般667m2施尿素15-20千克。
春后收获的，要结合浇返青水，追施返青肥，以加速返青，提高蒜苗的品质和产量。温室栽培蒜苗，要配制肥沃的培养土。追肥主要是通过叶面进行根外追肥。在苗高5厘米后，每m2浇施20克尿素水，以后每隔7天喷施一次300倍的磷酸二铵水溶液，每次叶面施肥后，都要用清水冲洗叶面，以免发生肥害。