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有机肥料与化学肥料一样，品种万千，养分含量也相差甚远，需根据土壤状况，栽种作物与有机肥的肥性状况合理施用。方法得当，节本增效，否则不仅浪费，而且会带来负面效果。以下是有机肥的几种施用方法：
1、全层施肥。在翻地前将有机肥料撒在地表，随着翻地将肥料全面翻入土壤中。这种施肥方法简单，省力。肥料施用均匀，但肥料利用率低。目前，这种方法适用于用量大、养分含量低的精制农家肥的施用。
2、集中施肥。腐熟程度高的有机肥（如商品有机肥）一般采用在定植穴内施用或挖沟施用的方法，将其集中施在作物根系部位，可充分发挥其肥效。
3、追肥施用。腐熟程度高的有机肥（如沼气肥）速效养分含量高，可作追肥施用。
4、有机肥料和无机肥料配合施用。有机肥料与无机肥料优缺点各异，长期的农业生产实践证明，单施有机肥料或无机肥料，都不能适时、适量满足作物生长的需要，只有两者配合施用，才能充分发挥各自的优点，两者取长补短，互相补充，缓急相济，充分发挥肥料的增产潜力，达到高产优质和培肥改良土壤的双重效果。