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消毒是养殖场必备的重要环节,消毒方法的正确与否是预防养殖场疫病感染和控制疫病暴发的重要措施, 通过消毒能够杀灭环境中的病原体，切断传播途径，防止疾病的传播或蔓延，是畜禽养殖健康发展的重要保证。
为避免养殖圈舍尘土及微生物在空气蔓延，清扫时应先用水或消毒液喷洒，消毒前要首先做好环境、圈舍的彻底清洗工作；对于高的圈舍可以由上到下大面积喷洒消毒液，待清扫杂物、污垢后用高压水枪冲洗，待干燥后，换另一种消毒药再喷洒一次，最后用水清洗干净，必要时可以用熏蒸消毒。消毒需要按一定顺序进行，一般从离门远开始，按墙壁、顶棚、地面的顺序喷洒，关闭门窗2-3小时，然后通风换气，再用清水冲洗料槽、地面等。工作衣帽鞋要经浸泡消毒或高压消毒。
按照《动物防疫条件审查办法》的规定场区出入口处设置与门同宽，长4米、深0.3米以上的消毒池；生产区入口处设置更衣消毒室；各养殖栋舍出入口设置消毒池或消毒垫；生产区内清洁道、污染道分设；场区入口处配置消毒设备；圈舍地面和墙壁选用适宜材料，以便清洗消毒，消毒液一般不超过1周更换一次，消毒池内放2-3%的火碱溶液或5%来苏尔溶液，以便人、车进出时进行车底和轮胎的消毒。