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1、畸形果: 首先避免苗期2-5片真叶时，夜间温度低于10℃，白天温度低于20℃；其次避免苗期氮肥和磷肥施用过多；另外低温期间避免光照过强或土壤干旱。
2、筋腐果：增加植株群体通风透光能力，多施腐熟的有机肥料，改善土壤的理化性状，增加土壤保水、排水能力，适当增施钾肥，少施氮肥；另外蕃茄生长后期要注意避免土壤积水过多。
3、脐腐病：避免氮肥施用过多，在果实膨大期避免土壤干旱或忽干忽湿。发生初期可叶面喷施0.5%氯化钙溶液，连续喷3-4次。
4、裂果：避免土壤水分供应不均匀，土壤长期干旱，果皮强度增加，伸张性减少，突然浇水过多，果实肉质迅速膨大，而使果皮开裂。所以在果实膨大期要小水勤浇，保持土壤湿润，防止土壤过干过湿；另外施足有机肥料，提高土壤保水、透水能力。
5、空洞果：避免蕃茄花粉形成时遇到高温或光照不足等情况，使花粉不饱满，不能正常授精，形成无籽果实，胎座组织发育受阻，胶状物形成少，而产生空洞果；其次在栽培管理上应加强肥水管理，氮、磷、钾配合使用，防止生长后期缺肥缺水；另外在使用激素点花时，药液浓度要准确，避免重复点花。