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有机水稻的栽培生产成本比较高，在如何降低生产成本，栽培管理能够全面机械化等问题上还需要加大研究的力度。另外水稻的有机栽培，病虫害防治方面还是比较困难的，虽然目前有一些解决的方法，但是还是有待寻找更加有效的防治之道。
其关键技术：
一、 培育壮秧
1、品种选择：选用农艺性状好、抗性强、适宜本地种植的优质水稻品种如“寒优湘晴”、“银香—18”和“998—2”等。
2、种子处理：播种先晒种1-2天，然后用1%石灰水浸种2—3天，以预防水稻恶苗病、干尖线虫病种传病害;再催芽播种。
3、适期播种：采用中大苗育秧方式，秧龄掌握在30天左右，叶龄在5—7叶;秧大田比例为1：6。播种期掌握在5月20—25日左右。播种量杂交稻为3公斤/亩;常规稻为6公斤/亩。
4、施足有机肥：苗床地可结合整地及时施好商品有机肥1～2吨/亩和腐熟饼肥50公斤/亩作基肥。播后在秧板上覆盖商品有机肥2吨/亩，以保湿、保温、防露籽、防雀害，提高成秧率;水稻秧苗期使用腐熟饼肥50公斤/亩，促分蘖早生。
二、 合理密植 秧亩长至5～7叶时开始移栽，移栽采用等行株距，株行距为0.11×0.25米，每亩密度2.0～2.2万穴，其中杂交稻每穴栽插3～4株，每亩基本苗6～7万;常规稻每穴栽插6～7株，每亩基本苗12万左右。
三、 肥料运筹 重施基肥，5月份结合土地耕翻，施用商品有机肥2～3吨/亩;在水稻生长期施用腐熟饼肥100～200公斤/亩，其中杂交稻以蘖分肥为主，常规稻前后期各占50%。
四、 水浆管理 水稻移栽至返青分蘖初期深水灌溉，水层5厘米左右，严防脱水，分蘖后期适度搁田;孕穗期浅水勤灌;抽穗后浅水灌溉、潮潮清通过科学有效的水浆管理，促进水稻早分、早封行，达到以水控草、以水促苗、以苗压草和以水调肥的目的。
五、 杂草防治
有机水稻生产中杂草需采取综合防治措施。
1、诱草灭草。在水稻移栽前40～50天灌跑马水使田间土壤保持湿润以诱发杂草，并通过数次耕翻来压底杂草基数。人工拔草。在移栽前夕10～15天，采用人工拔除诱发的 杂草，特别施针对双穗雀等恶性杂草以及水稻生长期间的高龄杂草，必须进行多次人工拔除。
2、以苗压草、以水压草。通过合理密植，增加基本苗和科学的水浆管理等措施，以达到抑制杂草生长的目的。
3、养鸭除草。利用稻鸭共生来控制田间杂草的发生，选择体型适中，活动能力较强的鸭子品种，与水稻栽植同步共育，亩均养殖10～15只。
六、 病害防治 水稻病害主要有恶苗病、稻瘟病、纹枯病和稻曲病等。方法上以农业防治为主，重点通过培育壮秧、合理密植、科学调控肥水、适时搁田控制高峰苗等水稻健身栽培措施来增强植株的抗性，改善田间小气候，减轻病害的发生;如病害严重时，选用经有机认证机构认可的生物农药防治，如“申嗪霉素”等。
七、 虫害防治 水稻害虫主要有稻象甲、稻蓟马、稻飞虱、稻纵卷叶螟、螟虫等。
1、农业防治：通过健身栽培，增强植株的抗虫性。
2、物理防治：安装频振式杀虫灯(30亩左右/只)诱杀田间趋光性害虫。
3、生物防治：一是加强监测;二是药剂防治;三是生物防治。
水稻收割后种足种好绿肥，以培肥土壤，减少年有机肥的投入量，降低生产成本。