健康的土壤，是一个生态农场的根本和重中之重。现在很多生态农场刚刚起步，土壤还没有恢复到多么好，但是仅仅看看在改良土壤方面做出的投入多少，就可以知道他们的用心程度了。所以，记得考察农场时一定要问 “你们如何改良这里的土壤？”
健康的土壤中蚯蚓粪密度会比较大，各种小虫子会比较多，有团粒结构。
有的生态农场会说自己不用化肥，而是购买有机肥来使用，但是有机肥的来源是有很大疑问的——比如其中是否有工业化养殖场的动物粪便（含抗生素和重金属等有害物质）、城市污泥、转基因豆粕等？是否掺杂了化学合成成分？加工工艺如何，是否已腐熟完全？如果能清楚说出有机肥来源，那还可以接受；如果一个生态农场对此问题毫不关心，多半是不靠谱。
生态农业倡导就地资源循环，尽量减少对外来投入品的依赖。可选的一些土壤改良方式有比如：
种植绿肥——比如蚕豆、黄豆、苜蓿等，都可以起到固氮作用。
减少翻耕甚至免耕——减少土壤侵蚀，保护土壤中的小动物、微生物和土壤结构。
减少使用或不用塑料地膜——地膜不可降解，不易回收，对于土壤微生物有害，不利于土壤结构改良，且地膜本身就有一定毒性。
秸秆覆盖——可增加土壤有机质和微生物、抑制部分杂草、防止表土流失，保水、保持地温等。
适当保留杂草——保持土壤湿度、保持地温、增加地上和地下的生物多样性等。
自制堆肥——最好用农场本地的、安全的原材料，比如废弃蔬果、秸秆、花生粕、厨余垃圾、自养动物的粪便等等。或和附近的生态养殖场合作以获取安全的堆肥原材料（针对专营种植业的农场而言）。
立体种养——比如稻田养鸭、果园养鸡等等，都是一举多得，既可以获得安全的动物粪肥，又能对杂草起到一定抑制作用、不至于让杂草疯长，还能帮农作物除虫。但也需要注意把握数量，养殖动物太多的话会对土壤有负面作用。
以上这些没必要都做到，但都是可以选择的改良土壤的方式。如果某个生态农场没有任何类似的措施，基本上就是没有在认真对待生态农业。
自然农法菜园里，杂草丛生，但是作物很健康。
另外，对于“适当保留杂草”这一点，还是有很多争议的，大多农人认为杂草会争夺养分和水分、所以要将草除干净。但是通过对天然生态系统的观察，以及对一些比较成功的自然农法农场的观察，我个人认为，多样化的草对于土壤改良、提升生物多样性的作用是其他任何措施都无法替代的。另外很多杂草其实是野菜或草药，只是它的价值被长时间忽略了。
3、生物多样性
自然界原本并不存在害虫和益虫，这两者的区分完全是从人的需求来定义的。在农田当中，害虫指的就是吃植物的虫子，益虫指的是吃动物（即害虫）的虫子。而我们知道，在食物链中，营养级别越高，种群个体数量就越少。农药会把害虫益虫一块杀死，害虫数量本身就多，被杀死一大部分后还是有很多个体幸存，因此种群恢复得快；益虫数量少，喷农药后种群恢复得相对更慢。这样，生态平衡便会被打破，虫害爆发即根源于此。在真正原生态的环境中，很少有某种虫大面积肆虐、无法控制的情形发生。所以，做生态农业，绝不是说把化学农药换成天然农药就可以，不是某段时间内没爆发虫害就算成功，而是要花很多精力在生态修复中，这样才是做长久打算。
梨树上的螳螂卵块
考察农场时，我们消费者不需要携带农残检测试纸，更不会也不必要使用大型检测仪器，但必须要打开各种感官，仔细观察。可以选择的增加农田生物多样性的方法有比如：
间种套种——凡是观察过天然生态系统的人都知道，大面积单一化生长的植物在自然界是不存在的。生态农场应该尽量不采用大面积单一化种植，而是小面积多样化；并且采用植物伴生的方法，趋避害虫、吸引天敌动物、在不同的时间段增加蜜源、增加微生物多样性、避免病虫害大规模传播的可能。
同类作物种植多个品种——比如即便是大面积种植水稻，也可以将不同品种交错种植，降低病虫害爆发几率。
适当保留杂草——如果农田除了农作物以外，啥草都没有，那么害虫没得选，只能吃农作物，害虫也很无奈的！另外，各种各样的草，还会给更多样化的益虫提供栖息地。